Museet drivs av den ideella föreningen Birgittastiftelsen. Medlemmarna finns över hela Sverige och även utomlands. Birgittastiftelsen ska verka för att sprida kunskap om Birgittas liv och gärning och vårda byggnaderna i Klosterområdet. Förutom att driva museet har Birgittastiftelsen ett bibliotek, Biblioteca Birgittina, och stödjer och tillgängliggör forskning t.ex. genom att varje år dela ut Birgittapriset till en välrenommerad Birgittaforskare.